Svenska DNA-nyckeln

I Svenska DNA-nyckeln kan man med en frågesekvens söka efter liknande DNA sekvenser i ett referensbibliotek av kända sekvenser. DNA-nyckeln innehåller streckkodsgener och finner man tillräckligt stor likhet mellan sin frågesekvens och en sekvens i DNA-nyckeln så kan man ofta göra en god artbestämning. Om man inte finner någon hög likhet bör man prova andra databaser med ett större urval gener och sekvenser som Genbank och BOLD.

Observera att referensbiblioteket i Svenska DNA-nyckeln är under uppbyggnad. Svenska arter av fiskar, fåglar och däggdjur är relativt väl representerade men många andra organismgrupper saknas eller har dålig täckning. Läs mer om referensbibliotekets betydelse vid DNA baserad artbestämning.

Prova DNA-nyckeln genom att klistra in en sekvens, ladda upp en fil eller testa systemet genom att generera en eller flera exempelsekvenser nedan!

Sök mot databas

	Svenska ryggradsdjur (COI, 16S) [1,882 sekv.]	Sekvensdatabas innehållande referenssekvenser hämtade från arter som förekommer i Sverige. Viktigt att notera är att sekvenserna i denna databas kan vara hämtade från individer/prover som är tagna utanför sveriges gränser. Som exempel, om DNA-prov har saknats för en svenskfångad individ av Åkersork, kan sekvensen i databasen härröra från en individ som fångats i Norge. Se Databas.
	Barkodsekvenser för svenska organismer (COI, matK, rbcL, 16S*) [23,269 sekv.]	Databas innehållande streckkodssekvenser från Svenska ryggradsdjur (COI och 16S), samt sekvenser från databasen Samtliga barkodsekvenser från GenBank som kommer från arter som påträffas i Sverige. Se Databas.
	Barkodsekvenser från Genbank (COI, matK, rbcL, 16S*) [347,668 sekv.]	Databas innehållande streckkodsgener (alla sekvensposter med nyckelordet ”BARCODE”, motsvarar generna COI, rbcL, och matK) hämtade från GenBank, samt alla sekvenser i databasen Svenska ryggradsdjur. Denna databas innehåller således sekvenser från COI, rbcL, matk, samt 16S. Detta är den största databasen i DNA-nyckeln, men samtidigt saknas detaljerad information om sekvensursprung etc för många poster. Se även Databas.

Platser i Sverige, Norge och Finland där databasernas DNA prov är tagna.

Markör: COI

Grupp

DNA

SWE

Amfibier

23.1

Fåglar

448

548

81.8

Däggdjur

103

80.6

Fiskar

186

256

72.7

Reptiler

57.1

Totalt

724

927

78.1

Markör: 16S

Grupp

DNA

SWE

Amfibier

30.8

Fåglar

259

548

47.3

Däggdjur

103

56.3

Fiskar

149

256

58.2

Reptiler

28.6

Totalt

472

927

50.9

Andel (%) av de svenska arterna av ryggradsdjur (SWE) som är representerade av sekvenser (DNA) i DNA-nyckeln (observera att DNA-nyckeln även innehåller sekvenser från andra organismer än ryggradsdjur).